La jurisdicción parroquial pertenecía anteriormente a San José de Flores. La piedra fundamental fue bendecida en 1903 por Mons. Espinosa y el 21 de octubre de 1922, se inauguraron las obras del templo.

El 19 de marzo de 1938 el Card. Copello bendijo la iglesia erigida en homenaje a Mons. Antonio Sabelli en sus Bodas de Plata como cura párroco de Santa Julia.

La imagen venerada de Nuestra Señora de la Misericordia, la trajo un devoto genovés que durante la fiebre amarilla hizo la promesa de trasladarla desde Savona, si libraba del flagelo al pueblo de Caballito. Cuando se edificó la iglesia, su viuda la donó a la parroquia.