La Iglesia Presbiteriana San Andrés sostiene que la Biblia es la revelación especial de Dios para el hombre, siendo por lo tanto la única regla de fe y conducta que guía a sus miembros. La Iglesia Presbiteriana San Andrés reafirma la libertad de conciencia de sus miembros con respecto a la interpretación particular que cada uno hace del texto bíblico.

Asimismo, sostiene que la Confesión de Fe de Westminster de 1647 (versión editada con 2 capítulos extra) junto con el Catecismo Mayor y el Catecismo Menor, contienen un valioso y preciso resumen del sistema de doctrinas enseñado en la Biblia.

La Iglesia Presbiteriana San Andrés comparte muchas doctrinas comunes a otras iglesias surgidas de la Reforma, como por ejemplo las conocidas afirmaciones o "cinco solas" de la Reforma: sola scriptura (la Biblia como única fuente de autoridad), sola gratia (únicamente basta la gracia de Dios para ser salvados de la condenación eterna), sola fide (solo la fe dada por Dios nos justifica ante Dios mismo), solus Christus (Jesucristo es el único mediador entre Dios y el hombre) y soli Deo gloria (la gloria es solo para Dios).